医院创建于1964年，建院近半个世纪以来，一直承担着覆盖赣州市18个县、市(区)以及周边地区超过900万群众的精神(心理)疾病的治疗及预防工作。
2011年，赣州市第三人民医院通过了江西省卫生厅组织的等级医院评审，顺利晋升为三级甲等医院。
为满足广大人民群众对医疗服务的需求，该院在强化精神(心理)专科特色优势的同时，逐步完善并增设了内、外、妇、儿、老年科等综合科室，建立了我市首家专门为老年人提供精神(心理)专业医疗保健服务的老年科，独具特色的肛肠治疗中心和融合生理心理两大领域于一体的健康体检中心，设有三星级的东外街道章江北大道社区卫生服务站，开通了8155180心理热线咨询服务
目前，该院已发展成为具有一定规模，医疗设备齐全、技术力量雄厚，集医疗、科研、教学、预防功能为一体的非营利性、多学科全面发展的医院，是本地区并辐射赣、粤、闽、湘周边地区的精神(心理)卫生中心，是赣南医学院、赣州卫校的临床教学及实习基地，也是全省首批通过的省级群众满意医院、全省医德医风示范医院。
该院干部职工精诚团结、励精图志，努力践行科学发展观，以创新观念为先导，以深化卫生改革为支点，强化内部科学管理，构建长效机制，提高竞争实力，提升医院形象，获得了“两个效益”的双赢。曾先后获得省、市级“群众满意医院”、“全省卫生系统纠风工作先进集体”、全省“医德医风示范医院”、市级“园林化单位”、“综合目标管理先进单位”“医疗质量万里行先进单位”等荣誉称号。